辣椒幼苗期对肥水和温度等都比较敏感，因此该时期要控制好肥水和温度等条件。
首先，施肥的量决定了幼苗长势的好与坏。施肥过量，尤其是氮肥施用过量，容易导致幼苗徒长、茎杆细长、移栽后缓苗期长，温度稍高，幼苗“低头”现象非常普遍，同时施肥过多还易造成肥害，使根系受损，严重时导致幼苗萎蔫甚至死亡；缺肥易形成僵化（老化）苗，表现为新生根少、茎节短缩、开花结果迟且容易早衰。
其次，水分和温度也是必不可少的组成部分。水分过多时，植株幼茎纤弱，抗性差，加之湿度大容易诱发猝倒病；苗期受旱，植株失水过多，叶片下垂，生长受到抑制。温度偏高，也会导致幼苗徒长，茎杆细长，形成高脚苗；温度过低，容易造成冷害或冻害。
只有科学合理的肥水管理以及温度控制，才能培育壮苗。因此我们在苗期的管理上，要抓好以下几个技术环节。
一、看苗施肥，带肥移栽
苗期追肥应根据幼苗长势、苗床肥力等特性来决定。
在肥力中等的情况下应及早追肥，一般在定植前半月左右，苗床追施高钾型肥料，比如施它25克稀释2000倍浇泼苗床或者稀释600倍进行苗床喷雾，根据长势追施1-2次，促进幼苗健壮，增强抵抗能力，缩短缓苗期，提早进行花芽分化。同时在苗期追肥时，应注意浇水或者喷雾时间，确保傍晚叶片表面没有水珠，保持床土润湿。